最常發生的情況是由于不能完全修復導入表和PE頭部,從而導致一個脫殼應用程序無法正確運行。這種情況下,即使程序沒有完全脫殼,仍然可以使用IDA Pro分析它。一些脫殼器在原始程序運行之前,并不真正完全脫殼原始程序。相反,它們會脫殼原始程序的一部分,并且運行這部分,當需要運行下一部分代碼時,再將這部分代碼脫殼到內存。這需要相當大的開銷,但也讓分析人員難以脫殼。